截至民国22年5月，日本共有805所大学，其中国立大学86所、公立大学99所、私立大学620所。
2022年度日本国立大学的报名人数为302953人，2022年度日本公立大学的报名人数为125670人。
日本的国立大学，是指日本国家政府直接设立的大学，由国家通过捐赠或其他形式资助建立。
国立大学的专业设置都比较倾向于研究性，以理论知识和实践经验为基础来开设专业。
日本现有国立大学共5所。比如东京大学、京都大学、大阪大学、京都市立大学、东北大学、名古屋大学、京都大学和高知大学，这7所日本著名大学的常春藤盟校被统称为“旧帝国大学”。其他较知名的还有筑波大学、千葉大学、神戸大学、一橋大学等。
外国学生在申请国立大学的大学本科课程时，一般需要学生先去日本国立大学参加日本留学生考试，然后再进行校内的日语水平考试，根据两项考试的综合成绩来评定学生的考试成绩合格与否。
申请大学院一般是先在收到正式录取通知书和教授的推荐信后，再参加校内考，这时如果有GRE成绩也会很加分。
公立大学，是指由日本地方州政府共同出资设立并运营的大学。
公立大学较之于国内大学的总体研究水平相比国内的私立大学来说，略微处于下风，但其课程方向和专业设置也较倾向为学术性。
由于是由非营利性的公共团体经营，所以对于住在当地的学生，会免除部分医疗保险和学费。公立大学的招生人数相对较少，院系也比较有限，大多是小规模运营。公立大学与本地紧密相连，毕业后在本地就业会有优势。
日本的公立大学共99所。其中比较知名的有大阪市立大学、大阪公立大学、横滨市立大学、名古屋市立大学。如北九州大学、北九州市立大学等。其中，东京都立大学是由日本东京都政府出资设立，也是东京综合性最大和最顶尖的公立大学。
私立大学是一所由公民或者非营利性法人设置并运营的大学，由民间经营者经营。
私立大学的入学标准因学校而异。例如，对于大部分的中国留学生来说，除了普通的入学考试+入学校内考的入学考试之外，也有进行AO入学考试和推荐入学考试的学校，只通过各大学的个别入学考试的要求也能入学。
日本现有私立大学共620所，是世界各国公立大学中学校数量最多的。大阪府立大学及其附属高等院校中比较著名的有早稻田大学、其中京都大学和庆应义塾大学、上智大学、东京理科大学，以及著名的MARCH五校：明治大学、大阪府立技术学院大学、立教大学、筑波大学、法政大学。
由于日本本科大学和公立大学均由日本政府出资建设，研究资金非常充裕，所以日本本科大学和公立大学多为研究性大学。相比之下，日本私立大学则不如国公立那么“严谨”，大多侧重于社会实践和就业指导。
当然也有师资力量充沛、教育水平高的私立大学，如早稻田大学、庆应义塾大学、上智大学、东京理科大学等。
国公立大学在日本国内外绝大多数国家都是一流大学。同时英国的公立大学数量少、招生严格，考取难度比私立大学难度更大、而且公立大学在世界上顶尖大学的排名和知名度更高。